Фармакофор

Пример фармакофорной модели.

Термин фармакофор был введен Паулем Эрлихом в 1909 г.:

Фармакофор — это молекулярный остов, который несет (фор) существенные признаки, ответственные за биологическую активность лекарства (фармако) (Ehrlich Dtsch. Chem. Ges. 1909, 42: p.17).

В 1977 г. это определение было модифицировано Питером Гундом (Peter Gund):

Фармакофор — это набор структурных признаков в молекуле, которые распознаются биологическими рецепторами и являются ответственными за биологическую активность молекулы (Gund. Prog. Mol. Subcell. Biol. 1977, 5: pp 117—143).

Определение ИЮПАК таково:

Фармакофор — это набор пространственных и электронных признаков, необходимых для обеспечения оптимальных супрамолекулярных взаимодействий со специфической биологической мишенью, которые могут вызывать (или блокировать) ее биологический ответ.

Под фармакофорными признаками обычно понимаются фармакофорные центры и интервалы расстояний между ними, необходимые для проявления данного типа биологической активности. Типичными фармакофорными центрами при этом являются: гидрофобные области, ароматические кольца, доноры и акцепторы водородной связи, анионные и катионные центры. Для более детального описания фармакофора часто используют гидрофобные и исключенные объемы, а также допустимые интервалы угловой ориентации векторов водородных связей и плоскостей ароматических колец. При фармакофорном поиске проводится поиск соответствия между описанием фармакофора и характеристиками молекул из базы данных, находящихся в допустимых конформациях.

Программное обеспечение для моделирования фармакофоров

• Discovery Studio — от Accelrys
• LigandScout (external link) — от Inte:ligand
• Phase — от Schroedinger
• MOE — от Chemical Computing Group
• ICM Pro (http://www.molsoft.com/gui/ph4.html)
• DISCOtech (http://www.tripos.com/index.php?family=modules,SimplePage,,,&page=sybyl_discotech)
• PharmaGist (http://bioinfo3d.cs.tau.ac.il/PharmaGist/)

Литература

• Osman F. Güner (2000) Pharmacophore Perception, Development, and use in Drug Design ISBN 0-9636817-6-1 Содержимое и введение

• Thierry Langer and Rémy D. Hoffmann (2006) Pharmacophores and Pharmacophore Searches ISBN 3-527-31250-1 Содержимое и введение