SBGN

Логотип стандарта Systems Biology Graphical Notation

SBGN (англ. Systems Biology Graphical Notation) — это язык графического представления элементов биологических систем и взаимодействий между ними, разработанная группой биохимиков, молекулярных биологов и биоинформатиков^[1].

История

Первые работы по созданию непротиворечивой и исчерпывающей системы, описывающей взаимодействия элементов биологических систем, провел Курт Кон (Kurt Kohn) в Национальном Институте Рака (NCI) ^[2]. Консорциум специалистов для разработки стандарта SBGN был создан Хироаки Китано (Hiroaki Kitano), директором Токийского Института Системной Биологии, в 2005 году.

Спецификация SBGN Process Description, переименованного впоследствии в Process Diagrams, была выпущена 23 Августа 2008 года^[3]. Изменения и исправления к спецификации опубликованы 1-го сентября 2009 года^[4] . Спецификация SBGN Entity relationship была опубликована первого сентября 2009 года^[5] одновременно с первой спецификацией SBGN Activity Flow^[6].

Виды диаграмм

Спецификация языка SBGN описывает три типа диаграмм:

• Диаграмма процессов (Process Descriptions, PD)
• Диаграмма взаимодействий (Entity Relationships, ER)
• Диаграмма потоков деятельности (Activity Flows, AF)

Используя эти три диаграммы биологи могут недвусмысленно представлять графически знания о структуре взаимодействий в биологической системы. При разработке стандартов большое внимание было уделено созданию ограниченного набора графических элементов (алфавита) со строго определенной семантикой. Ограниченность графического алфавита и простая грамматика делают SBGN простым и удобным, пригодным не только для научных публикаций, но и для использования в книгах и учебных пособиях.

Диаграмма процессов представляет биологическую систему как сеть взаимосвязанных и организованных во времени процессов^[3][4].

Диаграмма взаимодействий представляет биологическую систему в виде набора парных взаимодействий без учета их органицации во времени. Основной причиной создания этой диаграммы была необходимость преодоления эффекта, так называемого, комбинаторного взрыва. Системы описываемые SBGN-ER представляются как наборы правил, описывающих влияние элементов системы на взаимодействия внутри системы^[5].

Диаграмма потоков деятельности, в отличие от двух предыдущих, описывает систему не как совокупность физических агентов, молекулярных пулов (SBGN-PD) или отдельных агентов (SBGN-ER), а как поток информации между различными биохимическим активностями. Активность может быть реализована разными биологическими агентами (например разными ферментами имещющми общий EC номер), а также один агент может принимать участие в реализации нескольких биологических активностей (функций)^[6].

Программные продукты, поддерживающие стандарты SBGN (главным образом SBGN-PD) уже доступны^[7].

См. также

• UML

Ссылки

• Официальный сайт sbgn.org

Примечания

1. ↑ Le Novère N, Hucka M, Mi H, Moodie S, Schreiber F, Sorokin A et al. (2009). «The Systems Biology Graphical Notation.». Nat Biotechnol 27 (8): 735–41. DOI:10.1038/nbt.1558. PMID 19668183.
2. ↑ Kohn KW, Aladjem MI, Weinstein JN, Pommier Y. Molecular interaction maps of bioregulatory networks: a general rubric for systems biology. Mol Biol Cell (2006) doi:10.1091/mbc.E05-09-0824
3. ↑ ^{1 2} Le Novère N, Moodie S, Sorokin A, Hucka M, Schreiber F, Demir E, Mi H, Matsuoka Y, Wegner K, Kitano H. Systems Biology Graphical Notation: Process Diagram Level 1. Nature Precedings (2008) doi:10101/npre.2008.2320.1
4. ↑ ^{1 2} Moodie S, Le Novère N, Sorokin A, Mi H, Schreiber F. Systems Biology Graphical Notation: Process Description language Level 1. Nature Precedings (2009) doi:10.1038/npre.2009.3721.1
5. ↑ ^{1 2} Le Novère N, Moodie S, Sorokin A, Schreiber F, Mi H. Systems Biology Graphical Notation: Entity Relationship language Level 1. Nature Precedings (2009) doi:10.1038/npre.2009.3719.1
6. ↑ ^{1 2} Mi H, Schreiber F, Le Novère N, Moodie S, Sorokin A. Systems Biology Graphical Notation: Activity Flow language Level 1. Nature Precedings (2009) doi:10.1038/npre.2009.3724.1
7. ↑ Community#SBGN_Software. sbgn.org. Архивировано из первоисточника 5 мая 2012. Проверено 4 августа 2010.