Lammps

LAMMPS

Тип	Молекулярная динамика
Разработчик	Sandia National Laboratories
Операционная система	Кроссплатформенный
Последняя версия	Rolling release
Лицензия	GPL
Сайт	http://lammps.sandia.gov

LAMMPS (англ. Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) — свободный пакет для классической молекулярной динамики, написанный группой из Сандийских национальных лабораторий. Пакет может применяться для крупных расчётов (до десятков миллионов атомов ^[1]). Для работы на многопроцессорных системах используется интерфейс MPI. Пакет распространяется по лицензии GPL и доступен в виде исходных кодов, а также в виде скомпилированных пакетов для Microsoft Windows.

Особенности

Можно скомпилировать как параллельную версию LAMMPS (использует MPI), так и версию для запуска в однопроцессорном режиме.

В LAMMPS реализована поддержка большинства двухчастичных и многочастичных короткодействующих потенциалов (потенциалы Леннарда-Джонса, Морзе, Юкавы, EAM, AI-REBO).

Реализованы методы Эвальда и PPPM (Particle-particle particle-mesh) для расчетов сил в системах с кулоновским взаимодействием.

Кроме МД, LAMMPS может применяться для проведения расчетов мезоскопических систем и коллоидных растворов. Для этого реализованы методы перидинамики, DPD (диссипативная динамика частиц), SRD (стохастическая вращательная динамика).

Использование списков соседей при расчетах короткодействующих сил.

Использование пространственной декомпозиции при расчетах на многопроцессорных системах.

Есть возможность записи атомных конфигураций в текстовый или бинарный файл. Начальная конфигурация атомов для расчета может быть как сгенерирована в программе, так и прочитана из бинарного/текстового файла.

Есть встроенные возможности анализа атомной конфигурации "на лету": построение парной корреляционной функции, определение координационного числа, параметра центральной симметрии и др.

Встроенные термостаты, баростаты, методы добавления внешних сил и потенциальных стенок.

Возможность вывода в нативный формат для визуализатора AtomEye.

Использование графических процессоров для расчета (технология CUDA). Графические процессоры можно использовать только для потенциалов Леннарда-Джонса и Кулона.

Примечания

1. ↑ | А. В. Янилкин, П. А. Жиляев, А. Ю. Куксин, Г. Э. Норман, В. В. Писарев, В. В. Стегайлов. Применение суперкомпьютеров для молекулярно-динамического моделирования процессов в конденсированных средах // Вычислительные методы и программирование. 2010. Т.11. С.111.

См. также

• Параллельные вычисления
• Молекулярная динамика
• NAMD
• CPMD
• GROMACS
• Charm++
• CHARMM

Ссылки

• Домашняя страница LAMMPS (англ.)

Для улучшения этой статьи желательно?: Проставив сноски, внести более точные указания на источники.