ImageJ

ImageJ

Screenshot of ImageJ
Тип	Image processing
Разработчик	Wayne Rasband (NIH)
Операционная система	Any (Java-based)
Последняя версия	1.45r (15 октября 2011) (12 февраля 2010)
Лицензия	Public Domain
Сайт	http://rsb.info.nih.gov/ij/

ImageJ это общедоступная, написанная на Java программа для анализа и обработки изображений, разработанная в National Institutes of Health^[1]. ImageJ был создан с открытой архитектурой которая обеспечивает расширяемость при помощи плагинов Java, а также записываемых макросов^[2]. Пользовательские модули получения, анализа и обработки могут быть написаны с помощью встроенного редактора ImageJ и Java компилятора. Плагины, написанные пользователями делают возможным решение многих задач анализа и обработки изображений, позволяют проводить трехмерную визуализацию в диапазоне от клеток до рентгенологических изображений^[3], проводить автоматичекие сравнения^[4] вплоть до создания автоматизированных систем изучения, например, в гематологии^[5]. Архитектура плагинов ImageJ и встроенная в программу система разработки делает эту платформу весьма популярной для работы и преподавания анализа и обработки изображений^[6][7].

ImageJ может работать как онлайн апплет, загружаемое приложение. Использование приложения возможно во всех операционных системах, для которых существует Java Virtual Machine версии 1.4 или более поздней: Microsoft Windows, Mac OS, Mac OS X, Linux и Sharp Zaurus PDA. Исходный код ImageJ также находится в свободном доступе^[8].

Идеолог и разработчик проекта — Wayne Rasband (Research Services Branch of the National Institute of Mental Health).

Особенности

ImageJ позоляет отображать, редактировать, анализировать, обрабатывать, сохранять и печатать 8-битные, 16-битные и 32-битные изображения. Программа может читать многие форматы изображений, такие как TIFF, PNG, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS, а также raw форматы. ImageJ поддерживает стеки — серии изображений, которые объединены в одном окне, а многопоточные трудоемкие операции могут выполняться на многопроцессорных системах в параллельном режиме. В ImageJ можно вычислять площади, статистические показатели пиксельных значений различных выделенных областей интереса на изображениях, которые выделены вручную или при помощи пороговых функций. Программа может измерять расстояния и углы. Она может создавать гистограммы плотности и рисовать профили линий. ImageJ поддерживает стандартные функции обработки изображений, такие как логические и арифметические операции между изображениями, манипуляции с контрастностью, свертки, Фурье-анализ, повышение резкости, сглаживание, обнаружение границ и медианный фильтр. Программа позволяет производить различные геометрические преобразования, такие как масштабирование, поворот или отражение. Программа поддерживает любое количество одновременно используемых изображений, ограничение связано только с объёмом доступной памяти.

История

До начала создания ImageJ в 1997 году аналогичный анализ изображений позволяла проводить бесплатная программа, известная как NIH Image, которая была разработана для компьютеров Macintosh и работала на до-Mac OS X операционных системах. Дальнейшее развитие этого кода продолжалось в направлении использования изображений SXM, вариантах специально разработанных для физических исследований изображений сканирующих микроскопов. Также была разработана Windows версия поддерживаемая Scion Corporation. Обе версии по-прежнему доступны^[9].

Примечания

1. ↑ Collins TJ (July 2007). «ImageJ for microscopy». BioTechniques 43 (1 Suppl): 25–30. DOI:10.2144/000112517. PMID 17936939.
2. ↑ Girish V, Vijayalakshmi A (2004). «Affordable image analysis using NIH Image/ImageJ». Indian J Cancer 41 (1): 47. PMID 15105580.
3. ↑ Barboriak D, Padua A, York G, Macfall J (2005). «Creation of DICOM-aware applications using ImageJ». J Digit Imaging 18 (2): 91–9. DOI:10.1007/s10278-004-1879-4. PMID 15827831.
4. ↑ Rajwa B, McNally H, Varadharajan P, Sturgis J, Robinson J (2004). «AFM/CLSM data visualization and comparison using an open-source toolkit». Microsc Res Tech 64 (2): 176–84. DOI:10.1002/jemt.20067. PMID 15352089.
5. ↑ Gering E, Atkinson C (2004). «A rapid method for counting nucleated erythrocytes on stained blood smears by digital image analysis». J Parasitol 90 (4): 879–81. DOI:10.1645/GE-222R. PMID 15357090.
6. ↑ Burger W, Burge M Digital Image Processing: An Algorithmic Approach Using Java. — Springer. — ISBN 1846283795
7. ↑ Dougherty, G Digital Image Processing for Medical Applications. — Cambridge University Press. — ISBN 9780521860857
8. ↑ Rueden CT, Eliceiri KW (July 2007). «Visualization approaches for multidimensional biological image data». BioTechniques 43 (1 Suppl): 31, 33–6. DOI:10.2144/000112511. PMID 17936940.
9. ↑ NIH Image: About. Архивировано из первоисточника 20 апреля 2012. Проверено 18 ноября 2008.

Ссылки

• Домашняя страница ImageJ
• Wiki документация по ImageJ
• Обзоры ImageJ от Forrest Mims III in The Citizen Scientist , the journal of the Society for Amateur Scientists.
• ImageJ в России
• Русскоязычный сайт программы ImageJ

Распространение

• ImageJ для микроскопии — от McMaster Biophotonics Facility
• Fiji (Fiji is Just ImageJ): Дистрибутив, укомплектованный программой ImageJ; поддерживает многие скриптовые языки (см Scripting). Fiji сосредоточена на регистрации, объединении, сегментировании и 3D-визуализации изображений.

Подключаемые модули

• Домашняя страница ImageJ Plugin
• Проект ImageJ Plugin Project @ Sourceforge.net
• Плагины для Bio-medical Imaging
• Плагин Image Stabilizer для ImageJ
• OptiNav набор плагинов: аэроакустика, гистограммы реального времени, деконволюции.
• Большой набор плагинов от Gabriel Landini
• плагины редактирования 3D от Albert Cardona.
• Плагины для оценки поверхностей от GCSCA
• TrakEM2: плагин для морфологического интеллектуального анализа данных, 3D моделирования, а также сшивания изображений, их регистрации, редактирования и аннотации.
• Различные плагины от Ulf Dittmer: Expression, HPGLReader, OpenGLExample, Pixellate, Seam Carving, Warp
• SIFT-реализация от Stephan Saalfeld: облегченная SIFT-реализация под GPL, см. больше о SIFT алгоритме
• bUnwarpJ от Ignacio Arganda-Carreras: плагин для жесткой и гибкой регистрации изображений.
• Plugins от Biomedical Imaging Group (EPFL)
• Преподавание обработки изображений и Java программирования с плагинами ImageJ
• Томографическая реконструкция по проекциям в виде плагина ImageJ, Университет Париж-юг XI, Orsay

Программа NIH Image

• Домашняя страница NIH Image
• Скачать Scion Image

Для улучшения этой статьи по информационным технологиям желательно?: Проверить качество перевода с иностранного языка. Проставив сноски, внести более точные указания на источники. Проставить для статьи более точные категории. Переработать оформление в соответствии с правилами написания статей.